Нерест у радужного губана происходит в мае-июне. В этот период на участке доминирующего самца появляются несколько самок. Соорудив на дне гнездо из обрывков водорослей, хозяин привлекает к нему самку; та откладывает икру, которую самец немедля поливает молоками. Количество икринок и срок их инкубации ученым до сих пор не известны. Чаще всего в одно гнездо мечут икру несколько самок.
Оплодотворенные яйца начинают развиваться, а кладку в течение всего срока инкубации бдительно оберегает будущий папаша. Как только из яиц выходят личинки, родительская опека прекращается. Личинки и мальки ведут пелагический образ жизни, плавая в приповерхностных слоях воды и питаясь мелкими планктонными организмами. Молодые губаны первое время тоже ведут пелагический образ жизни. Растут эти рыбы очень медленно: так, например, трехлетний губан достигает в длину 21 см при массе 230 г.
Прибавив еще немного тела, рыба начинает избегать представителей своего вида и обзаводится домашним участком. Между 6 и 14 годом жизни самка может изменить свой пол (это явление происходит только в том случае, если на данном участке погибает доминирующий самец). Тогда самая старшая из способных к метаморфозу самок превращается в самца, который становится доминантом.