Долгое время кистепёрые рыбы считались вымершими. Первую латимерию выловили в 1938 году. Это сделала куратор музея города Ист-Лондон, что находится в ЮАР, Марджори Латимер. Открытие произошло когда она при исследовании рыб, которые выловили рыбаки в устье реки Чалумна, и не смогла определить видовую принадлежность экземпляра. После этого М. Латимер связалась с ихтиологом Джеймсом Смитом, который сразу же узнал представителя кистепёрых рыб , которые хорошо знал по ископаемым. В 1939 году находка была описана, а описание опубликовано. Находке дали название на латыни Latimeria chalumnae в честь первооткрывателя Марджори Латимер.
Второй экземпляр латимерии был выловлен лишь в 1952 году. Единственным отличием от первого образца было отсутствие переднего спинного плавника. И только после досконального исследования профессор Дж. Смит относит его к виду Latimeria chalumnae.
Второй вид рыб этого рода было обнаружено недалеко от побережья о. Сулавеси в сентябре 1997 года калифорнийским биологом Марком Эрдманом. Поскольку экземпляр был обнаружен возле города Манадо, его назвали Latimeria menadoensis.
На сегодня семейство Латимериевые насчитывает один род Латимерии, который содержит два вида коморская латимерия (Latimeria chalumnae) и индонезийская латимерия (Latimeria menadoensis). Почти все данные, которые приводятся в литературе, относятся только к коморской латимерии, а о биологии индонезийской, сведения практически отсутствуют. Два вида практически ничем не отличаются друг от друга, принадлежность к разным видам можно определить только при помощи генетических исследований. Согласно этим исследованиям два вида разделились около 40 миллионов лет назад.